A Igreja foi edificada em alvenaria de tijolos com alicerces de pedra. Segundo Ricardo Gumbleton Daunt, em 1881, o templo possuía 130 palmos de comprimento por 45 palmos de largura (entre os muros) e contava com uma nave com corredores ou tribunas “em linha supostados por detrás da capela-mor”. (CONDEPACC)
Segundo Jolumá Brito, fontes impressas do período registraram que o engenheiro-arquiteto Ramos de Azevedo, recém-chegado da Bélgica, assumira os trabalhos de conclusão do templo, constando que em 1885 a igreja possuía “uma larga varanda apoiada em pilares octógonos (…) ligados uns aos outros por arcos pontiagudos, com arcos góticos. O altar mós é feito de tijolos e argamassa e pintado à imitação do mármore. O teto desta parte da Igreja é uma abobado e o restante é meia abobado. A pintura é toda em branco e azul oferecendo muito boa impressão”. (CONDEPACC)
Quando de sua inauguração (figura 1), a igreja apresentava uma construção “do tipo colonial, com telhado em beiral (…) janelas (..) [com] escuros para dentro e vidros para fora (…) além de vergas tipo ‘pombalina’”, constando na fachada frontal “um ‘aplique’, com encamisamento da parede”, numa “curiosa mistura construtiva, em estilo românico simplificado” (Ana Villanueva, CONDEPACC).
A Igreja de São Benedito passou por reformas na década de 1920, levadas adiante por força de Elias Saboya que também buscou recursos (através de esmolas, como os irmãos) para a reforma da capela e da irmandade. Nesta ocasião foram introduzidos acabamentos mais elaborados no mesmo estilo neo-românico; instaladas platibandas laterais para esconder a antiga fachada e uma torre na lateral da Rua Lusitana
